青海省水文地质工程地质勘查院原名青海省第二水文地质队,建队于1970年。1985年为适应省地矿局战略性调整,更为现名。该院于1987年在青海省乐都县工商局注册,成为独立法人实体(注册资金500万),2001年迁至省会西宁市苏家河湾4号,并在西宁市工商局重新注册(注册资金820万),重组为一支覆盖全省及周边地区集区域水文地质、工程地质、工程测绘、岩土工程勘察、设计、测试、监测、检测、咨询、监理、治理及地质灾害防治工程勘察、设计、咨询、施工、水文钻井、基础桩施工、工程测绘、物探、绘图、岩矿、土壤及水质化验、鉴定与测试、机械维修加工于一体的综合性地质勘察队伍。